fastalign，anymalign，mgiza（giza多进程版本），berkeley aligner。但是好像目前来开giza++在这些工具里面效果最好吧，虽然时间比较慢。想快的话可以试试fastalign。giza是基于统计的，也可以试试基于抽样的anymalign，感受一下。
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